Я решал эту проблему сразу после покупки мотоцикла, т.е. еще в прошлом году. Пробег тогда был в районе 18000 км. Тема описана в faq по 650 (сайте, мимо которого трудно пройти владельцам F650), но на всякий случай опишу свой случай тут.
Итак, симптомы: 2я передача вылетает на оборотах выше ~5500. В faq'е написано, что основной причиной является вилка второй передачи, которую BMW в какой-то момент доработали. У меня, уже после разборки, стало ясно, что нужно поменять еще и копирный вал. Возможно, первопричиной проблемы была вилка, но тем не менее. Вилку я заказал еще до того, как коробка была разобрана, а вал пришлось потом дозаказывать и ждать. Неприятно то, что приходится вытаскивать и половинить мотор, чтобы перебрать коробку — это дело довольно накладное.
После замены этих 2 деталей, как и ожидалось, все стало работать как надо.