когда подкачиваю и завожу работает 2 цилиндра, а потом 1 и начинает глохнуть.

С ходу вижу три возможных причины
* Неравномерность износа поршневой
* Разбалансировка наполнения (править лепестком)
* Конденсаторы зажигания
* Свечи
Последние два пункта можно проверить просто проверить обменом левых деталей на правые и наоборот.

После ревизии поршневой неплохо проверить состояние подшипников коленвала и уплотнений. А какой цилиндр глохнет? С той стороны и смотреть. Если заводится вообще — значит подшипник со стороны генератора ещё живой, только уплотнение нужно смотреть, с обратной нужно всё проверить. Также, как не удивительно, стоит проверить не забиты ли выхлопные патрубки и глушители. На старых мотоциклах они нагаром бывает зарастают.