До 1000 км, если нет правил, ьери общие:
1. Езда на средних оборотах (не в районе красной зоны)
2. Всегда плавное открытие ручки газа
3. Если 6 передачь — езда на 5-й максимум

Если не заводится- не нормально.
Я бы назад в магазин сдал. Это неисправность

В инструкциях к старой советской технике (знаком с Ижами-Ю2, Ю4, П5, Уралом М 67-36) была глава, посвященная обкатке, в которой достаточно подробно описывался это процесс.
В период обкатки рекомендовалось не перегружать двигатель-не ездить с пассажиром, не ездить по жаре, по плохим дорогам и т.п. Особенно в первые несколько сотен километров.
В первые несколько сотен км. пробега рекомендовалось делать остановки на 5-10 мин. каждые 5-10 км. для охлаждения двигателя. Рекомендовалось, так же при этом проверять подклинивание поршня вследствие пререгрева-сбросить газ, выключить сцепление во вр. движения. Если двигатель начинает глохнуть (изначально исправный), значит поршень подклинивает и надо срочно остановиться-остыть (кстати, такое у меня было один раз при обкатке П5). Через несколько первых сотен километров пробега, если двигатель легко переносит езду и не греется, безостановочный пробег увеличивался до 25-40 км.
Была таблица допустимых скоростей на каждой передаче при определенном пробеге во время обкатки. В современных мануалах к буржуйской технике ее заменяет таблица рекомендованных оборотов по пробегу.
После первой 1000 км., если все в порядке, разрешалось кратковременно (на участке не более 300-500 метров) превышать допустимую скорость, после чего дать двигателю остыть, двигаясь с небольшой скоростью. Такой режим позволяет деталям двигателя лучше притереться и уменьшает вероятность поломки когда после пробега установленных обкаточных километров, водитель решит отвинтить по полной-ведь обкатку-то он проехал!
В Вашем случае-«Если ехать достаточно долго и потом заглушить, то сразу завести не получится, надо ждать минут 10-20 пока цилиндр остынет.»,-вероятно подклинивает поршень (как говорится, «тугой») как раз из-за перегрева.
Вот все, что на данный момент и спросонья вспомнил.

то сразу завести не получится, надо ждать минут 10-20 пока цилиндр остынет.
Это нормально?

а ты уверен что дело в цилиндре? «не получится» в чём заключается? не крутится или не схватывает?

Исправная техника должна легко запускаться вне зависимости сколько на ней только что проехали.
Перегрев цилиндра/блока ведет к глобальным проблемам, у Вас причина в явно в другом. Возможно клапана!?

ps: «Подклинивает поршень» — это не техника, это дрова.