Думаю что все будет нормально, т.к. сам на практике столкнулся с этим.

Когда я покупал свой TTR250, он стоял на учете на пред-предыдущем владельце (Толя), т.к. предыдущий (Ваня) катал только по лесу и возил мот в прицепе.

Проблем в МРЭО у меня не было: я предъявил
— копию договора между Толей и Ваней,
— свидетельство о регистрации Толи,
— ПТС со вписанной сделкой между Толей и Ваней (без всяких печатей — только адреса, имена и подписи), а также вписанной сделкой между мной и Ваней (тоже без печатей — только то что от руки).
— 2 экземпляра договора между мной и Ваней (третий остался у Вани).

Есть прекращение регистрации. Сохрани ДКП со старым владельцем для последующего, особых проблем в продаже мотоцикла без учета нет.

если я правильно помню, то ТС просто снимается с учета, а новый владелец регистрирует мот на сестру\брата\зятя\кота в свою очередь кот\зять\брат\сестра перепродают вам мот, и каждые 10 дней обновляют вам ДКП ну или сразу нарисуют 1000 копий)) со страховкой тоже какие то замуты были, но их я не помню, то ли оформлять открытую страховку сестрой\котом и остальными… то ли как то еще. Так вроде обходятся налоги на мот, насчет штрафов не знаю, но так или иначе всегда можно оплатить или отдать денежки предыдущему владельцу (если он рядом и он платит) за свой косяк))

Снять с учета как утиль, в дальнейшем для продажи можно восстановить, конечно это будет влиять на цену т. к. потребует дополнительных усилий у нового владельца для постановки мотоцикла на учет.
Проще поискать мот с птс, но не стоящий на учете. Такие еще встречаются.

Не вижу проблемы. Сделайте договор купли продажи завереенный у юриста — он будет иметь силу до конца дней мота. Старый хозяин снимает с учета, вы не ставите. В ПТС вписываете себя и прошлый хозяин расписывается в графе. Все. Вы хозяин мота, на учете он не стоит, так как это вам не нужно. Если продавать. То ПТС у вас заполнен, договор есть. В случае продажи договором и ПТС поддтверждаете факт своего владения и переоформляете на нового владельца.